Gene Wiki

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Logo del progetto "Gene Wiki"

Gene Wiki è un progetto di Wikipedia che mira a descrivere le relazioni e le funzioni di tutti i geni umani. È stato avviato per trasferire informazioni dalle risorse scientifiche agli articoli "stub" (abbozzi) di Wikipedia.[1][2][3]

Il progetto Gene Wiki ha inoltre avviato la pubblicazione di review sulla rivista Gene, insieme alla modifica delle pagine su Wikipedia relative al genoma umano.[4]

La collaborazione tra il progetto Gene Wiki e la rivista Gene si è conclusa nel maggio 2022, dieci anni dopo l'avvio del progetto. Una relazione dei project leader riassume i risultati del progetto.[5]

Obiettivi e ambito del progetto

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Si stima che il genoma umano contenga circa 20.000-25.000 geni codificanti proteine.[6] L'obiettivo del progetto Gene Wiki è creare articoli per ogni gene umano degno di nota, ovvero ogni gene la cui funzione sia stata assegnata nella letteratura scientifica sottoposta a revisione paritaria. Circa la metà dei geni umani ha una funzione assegnata, quindi il numero totale di articoli trattati dal progetto Gene Wiki dovrebbe essere compreso tra 10.000 e 15.000.

Una volta stabiliti gli articoli afferenti al progetto, la speranza e l'aspettativa è che questi vengano annotati e ampliati da utenti che comprendono appassionati, studenti, professionisti e accademici.[1]

Solo una piccola porzione del genoma codifica effettivamente le proteine nel genoma umano. Comprendere la funzione di un gene che codifica per una proteina richiede generalmente la comprensione della funzione della proteina corrispondente. Oltre a includere informazioni di base sul gene, il progetto include quindi anche informazioni sulla proteina codificata dal gene. La funzione di altre porzioni del genoma, il DNA non codificante, chiamato in passato anche "DNA spazzatura" perché apparentemente privo di funzione, si ritiene in realtà abbia funzioni regolatrici.

Contenuti generati

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Gli stub per il progetto Gene Wiki sono creati da un bot e contengono collegamenti ai seguenti database primari di geni/proteine:

  1. ^ a b Huss JW, Orozco C, Goodale J, Wu C, Batalov S, Vickers TJ, Valafar F, Su AI, A Gene Wiki for Community Annotation of Gene Function, in PLOS Biology, vol. 6, n. 7, luglio 2008, pp. e175, DOI:10.1371/journal.pbio.0060175, PMC 2443188, PMID 18613750.
  2. ^ Huss JW, Orozco C, Goodale J, Wu C, Batalov S, Vickers TJ, Valafar F, Su AI, SciVee Pubcast: A Gene Wiki for Community Annotation of Gene Function, su scivee.tv. URL consultato il 19 novembre 2008 (archiviato dall'url originale il 24 luglio 2010).
  3. ^ Huss JW, Lindenbaum P, Martone M, D. Roberts, A. Pizarro, F. Valafar, J. B. Hogenesch e A. I. Su, The Gene Wiki: community intelligence applied to human gene annotation, in Nucleic Acids Research, vol. 38, Database issue, gennaio 2010, pp. D633–9, DOI:10.1093/nar/gkp760, PMC 2808918, PMID 19755503.
  4. ^ Tsueng G, Good BM, Ping P, Golemis E, Hanukoglu I, van Wijnen AJ, Su AI, Gene Wiki Reviews-Raising the quality and accessibility of information about the human genome, in Gene, vol. 592, n. 2, 2 maggio 2016, pp. 235–8, DOI:10.1016/j.gene.2016.04.053, PMC 5944608, PMID 27150585.
  5. ^ van Wijnen AJ, Golemis E, Hanukoglu I, Tsui SK, Hu E, Ul-Hasan S, Joy J, Su AI, Tsueng G, A retrospective evaluation of a decade of Gene Wiki Reviews and their impact (PDF), in Gene, vol. 830, luglio 2022, pp. 146534, DOI:10.1016/j.gene.2022.146534, PMID 35525475.
  6. ^ Clamp M, Fry B, Kamal M, Xie X, Cuff J, Lin MF, Kellis M, Lindblad-Toh K e Lander ES, Distinguishing protein-coding and noncoding genes in the human genome, in Proceedings of the National Academy of Sciences USA, vol. 104, n. 49, dicembre 2007, pp. 19428–33, DOI:10.1073/pnas.0709013104, PMC 2148306, PMID 18040051.
  7. ^ Su AI, Wiltshire T, Batalov S, Lapp H, Ching KA, Block D, Zhang J, Soden R, Hayakawa M, Kreiman G, Cooke MP, Walker JR, Hogenesch JB, A gene atlas of the mouse and human protein-encoding transcriptomes, in Proceedings of the National Academy of Sciences USA, vol. 101, n. 16, aprile 2004, pp. 6062–7, Bibcode:2004PNAS..101.6062S, DOI:10.1073/pnas.0400782101, PMC 395923, PMID 15075390.

Collegamenti esterni

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